از زمان حیات نورانی رسول خدا پدیده‌ تفسیر آیه‌های قرآن به وجود آمد، آن بزرگوار گاه برخی معانی را بیان می‌فرمودند و به یاران خود آموزش می‌دادند، و گاه برای بعضی‌ها تردیدها و ابهاماتی به وجود می‌آمد و از حضرت رسالت سؤال می‌کردند، تعابیر و معانی قرآن را تفسیر می‌کردند و امیرالمؤمنین امام علی از برترین مفسران قرآن کریم پس از رسول خدا بوده‌اند. ابن عباس می‌گوید: دانش من و دانش تمامی صحابه‌ حضرت محمد در مقایسه با دانش حضرت علی مانند قطره‌ای است در برابر آب هفت دریا. خود آن حضرت فرمودند: «درباره‌ قرآن از من بپرسید تا شما را آگاه سازم که آیه‌های آن درباره‌ چه کسی و کجا نازل گردیده است». شیخ طوسی می‌گوید: اصحاب ما «شیعیان» بر این باورند که تفسیر قرآن هرگز امکان نمی‌یابد، مگر با ذکر اثر «روایت» صحیح از پیامبر و امامان معصوم: که قول‌شان حجّت است و مانند قول رسول الله می‌باشد. پس نمی‌توان هرگز از روایت‌های اهل‌بیت: در تفسیر قرآن بی‌نیاز بود، چگونه می‌توان محکمات را از متشابهات، عموم را از خصوص و… را بدون سخن آشکار و رازگشایی امامان معصوم: به کاوش گرفت و به معانی آن‌ها پی برد؟ و از همه مهمتر بطون و چند لایه بودن قرآن که در روایت‌ها با عنوان بطون آمده است و معنای ظاهری آیه‌ها، بطن و لایه‌ برونی و اوّلی آن است که اما برای فهم بیش‌تر معانی بایستی بطون و لایه‌های دیگر آن را بررسی کرد که این فهم مستلزم اتصال به اهل‌بیت: است که قرآن ناطقند وحجج بالغه‌ الهی.
در روایت‌ها تا هفتاد بطن ذکر شده است و بدون اتصال به این شجره‌ طیّبه، تفسیر به رأی می‌شود که مفسّر، در تفسیر رازگشایی از آیه‌های قرآنی به رأی و دیدگاه شخصی خود مراجعه و به توجیه و تأویل اقدام می‌کند و از طُرق عامّه نقل شده که رسول خدا فرمودند: «هرکس قرآن را به رأی خودش بیان کند، حتی اگر سخن به درستی گفته باشد. باز هم خطا کرده است». در حدیثی می‌خوانیم هر کس قرآن را به رأی خودش تفسیر کند نشیمنگاهش آتش است، خداوند در قرآن کریم می‌فرماید: «آیا به قرآن نمی‌اندیشید یا «مگر» به دل‌هایشان قفل‌هایی نهاده شده است».
قرآن کتاب است آسمانی و «وحیانی» که پایان بخش تمامی صحف آسمانی است و بزرگترین معجزه‌ پیامبر اسلام حضرت محمّد است و برای تمامی دوران‌ها، اعصار و امصار و برای تمامی انسان‌ها تا روز رستاخیز می‌باشد، نه دورانی خاص و محدود، لذا بجاست که حداقل در هر پنج سال تفسیری جامع به اسلام تقدیم شود که جدّیت بیش‌تر حوزه‌های علمیه و علمای شیعه را می‌طلبد تا قرآن از مهجوریت به درآید.